La commune est située sur l'embouchure envasée du Lay en bordure des marais asséchés de Saint-Michel-en-l'Herm. Resserrée entre Le Lay et l'un des anciens bras de ce fleuve (le Chenal de la Raque), l'Aiguillon-sur-Mer s'étire sur 12 km avec une largeur moyenne de 700 mètres.
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